Что бы проверить поле запроса на пустую ссылку нужно использовать функцию ЗНАЧЕНИЕ.
Это требуется, например для того что бы исключить из запроса пустые ссылки на справочники или документы.
|ГДЕ
| НЕ Реализация.Номенклатура = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)